Sekretariat dipimpin oleh Sekretaris yang berkedudukan dibawah dan tanggung jawab kepada Kepala Dinas Pertanian Kabupaten Pati.
Sekretariat mempunyai tugas menyiapkan perumusan kebijakan teknis, pembinaan dan pelaksanaan program dan keuangan, umum dan kepegawaian, hukum, hubungan masyarakat dan organisasi serta pengkoordinasian perencanaan dan pelaporan bidang di lingkungan Dinas.
Sekretariat dalam menjalankan tugasnya mempunyai fungsi :
a. penyiapan bahan perumusan kebijakan teknis, pembinaan dan pelaksanaan bidang umum dan kepegawaian, program dan keuangan;
b. pengelolaan dan pelayanan program dan keuangan serta umum dan kepegawaian, serta hukum, hubungan masyarakat dan organisasi untuk mendukung kelancaran pelaksanaan tugas dan fungsi Dinas;
c. pengoordinasian pelaksanaan penyusunan program dan kegiatan di lingkungan Dinas;
d. pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh Kepala Dinas sesuai dengan tugas dan fungsinya;
Sekretariat mempunyai uraian tugas :
a. merumuskan program dan rencana kerja serta rencana kegiatan di bidang kesekretariatan sebagai pedoman kerja agar pelaksanaan program kerja sesuai dengan rencana;
b. merumuskan bahan kebijakan teknis kesekretariatan sesuai dengan peraturan perundang-undangan sebagai bahan kajian pimpinan;
c. mengarahkan dan mengendalikan pelaksanaan kegiatan program, keuangan, umum dan kepegawaian berdasarkan data yang masuk dan pemantauan lapangan untuk mengetahui perkembangan serta permasalahan yang mungkin timbul;
d. mengoordinasikan perencanaan program sesuai dengan ketentuan yang berlaku guna terwujudnya keterpaduan pelaksanaan tugas;
e. mengoordinasikan penyusunan dan pelaksanaan anggaran sesuai dengan ketentuan yang berlaku guna terwujudnya keterpaduan pelaksanaan tugas;
f. mengoordinasikan pelayanan administrasi umum dan kepegawaian, serta pelayanan terkait hukum, hubungan masyarakat dan organisasi Dinas sesuai dengan ketentuan yang berlaku guna terwujudnya keterpaduan pelaksanaan tugas;
g. menyusun pelaksanaan pemantauan dan evaluasi kegiatan dari masing-masing bidang untuk mengetahui mutu pelaksanaan kegiatan;
h. menyusun Rencana Strategis Dinas sesuai dengan tugas dan fungsinya guna pedoman pelaksananan tugas;
i. menyiapkan bahan penyusunan rencana kerja anggaran murni dan perubahan Dinas sebagai pedoman dalam pelaksanaan anggaran guna terwujudnya tertib administrasi keuangan;
j. menyusun Laporan Perkembangan Kinerja Program dan Kegiatan, Laporan Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah berdasarkan laporan pertanggungjawaban keuangan demi terwujudnya akuntabilitas dan transparansi pelaksanaan tugas
k. merancang pengelolaan sistem informasi manajemen bidang pertanian sebagai bahan informasi Dinas;
l. melakukan olah data komoditas tanaman pangan, hortikultura, perkebunan dan peternakan;
m. melaksanakan tugas kedinasan lain yang diberikan oleh pimpinan baik lisan maupun tertulis.
Sekretariat terdiri dari :
Subbagian Umum dan Kepegawaian mempunyai uraian tugas :
a. mengelola pelaksanaan surat menyurat dan kearsipan Dinas dengan meneliti berikut kelengkapan surat untuk terwujudnya tertib administrasi;
b. menyusun pelaksanaan perencanaan, pengadaan dan pemeliharaan serta pelaporan sarana prasarana sesuai kebutuhan untuk mendukung kelancaran tugas;
c. menyusun pelaksanaan administrasi kepegawaian sesuai dengan ketentuan yang berlaku guna tertib administrasi kepegawaian;
d. melaksanakan pelayanan urusan hukum, hubungan masyarakat dan organisasi untuk kelancaran komunikasi dan informasi Dinas;
e. mengoordinir pelaksanaan penilaian dan prestasi kerja pegawai berdasarkan sasaran kerja pegawai dan perilaku kerja sesuai ketentuan dalam rangka peningkatan karier, pemberian penghargaan dan sanksi;
f. melaksanakan tugas kedinasan lain yang diberikan oleh pimpinan baik lisan maupun tertulis.
Subbagian Keuangan mempunyai uraian tugas :
a. melaksanakan penyusunan rencana belanja Dinas berdasarkan alokasi dana dalam dokumen pelaksanaan anggaran satuan kerja perangkat daerah (DPA-SKPD) guna terwujudnya tertib penggunaan anggaran;
b. melaksanakan penyusunan belanja tidak langsung, belanja langsung dan penerimaan (PAD) sesuai petunjuk teknis kegiatan guna terwujudnya tertib anggaran;
c. melaksanakan pengelolaan keuangan, verifikasi, pembukuan dan akuntansi sesuai dengan petunjuk dan pedoman yang telah ditentukan guna tertib administrasi;
d. melaksanakan tugas kedinasan lain yang diberikan oleh pimpinan baik lisan maupun tertulis.